وتتضمن مهام الوحدة التحقيق في المخالفات المالية وقضايا الفساد ودراسة نواحي القصور في التشريعات والأنظمة المالية والإدارية ونظم الرقابة الداخلية في إمارة أبوظبي واقتراح وسائل معالجتها والحد من آثارها السلبية.

وسيقوم جهاز أبوظبي للمحاسبة وفق التوجيه بالعمل على إعداد التشريعات اللازمة ووضع وتنفيذ الإجراءات والآليات التي تسهم في الحد من المخالفات وجرائم الإضرار بالمال العام وترسي منظومة مالية وإدارية تتسم بالنزاهة والشفافية وذلك تحقيقا لتطلعات القيادة الحكيمة في دعم كفاءة منظومة العمل الحكومي وتوفير المناخ الملائم والداعم لعملية التطوير والتنمية في إمارة أبوظبي.

كما اشتمل التوجيه على أن يعمل الجهاز بالتعاون مع الأجهزة القضائية والأمنية وغيرها من الجهات المختصة على وضع السياسات اللازمة لتعزيز ثقة المتعاملين مع الجهات والمؤسسات الحكومية والتحقيق في المخالفات المتعلقة بالاعتداء على المال العام واستغلال الوظيفة العامة وتضارب المصالح والانتفاع غير المشروع من العقود الحكومية أو الغش في تنفيذها إضافة إلى إعداد الدراسات الإدارية والمالية لتحديد أوجه القصور ورفع التوصيات بشأنها.